ニンジャ抗争で妻子を殺されたサラリーマン、フジキド・ケンジ。彼自身も死の淵にあったそのとき、謎のニンジャソウルが憑依。一命をとりとめたフジキドは「ニンジャスレイヤー」=ニンジャを殺す者となり、復讐の戦いに身を投じる。