1944年、ナチス体制下のドイツ。父を処刑されて居場所をなくした少年ヴェルナーは、体制に抵抗し反戦活動をするエーデルヴァイス海賊団の少年少女に出会う。やがて町に敷かれた線路の先に強制収容所を目撃した、彼らのとった行動とは…。